【数理学院】基于DNA甲基化的肿瘤纯度估计和相关计算问题

讲座标题:【数理学院】基于DNA甲基化的肿瘤纯度估计和相关计算问题

主讲人: 郑小琪 教授

讲座时间:2018-12-18 13:00:00

讲座地点:临港B2楼数理学院B301室

讲座语言:中文

主办单位:数理学院


讲座内容:

  DNA甲基化是一类重要的表观遗传修饰,大量研究表明,DNA甲基化的异常与肿瘤的发生、发展都有着密切的联系。但临床获取的肿瘤组织中往往包含一定数量的正常细胞,因此对肿瘤组织测序得到的甲基化谱信号实际是来自正常和癌症细胞信号的组合。如不加处理,会对后续多种甲基化数据分析问题产生不利影响。因此,准确估计组织样本中肿瘤细胞的纯度,建立合适的统计模型修正肿瘤纯度对差异甲基化分析、肿瘤样本聚类等数据分析问题具有重要的实际意义。本次报告将介绍基于DNA甲基化Infinium 450k芯片数据估计肿瘤细胞纯度的一个简单方法,并利用估计出的肿瘤纯度,分别构建了差异甲基化分析和肿瘤样本聚类的两个统计学模型。


主讲人简介:

  郑小琪,上海师范大学数理学院教授,博士生导师,主要从事生物统计和生物信息领域的研究。2009年毕业于大连理工大学应用数学系获博士学位,随后至上海师范大学工作,历任讲师、副教授、教授。2012至2014年及2015年7月,两次赴哈佛大学公共卫生学院“生物统计与计算生物学系”进行学术访问。2008年至今累计发表SCI论文50余篇,包括第一或通讯作者论文41篇,其中多篇发表在本领域顶级杂志上。近五年的代表性学术论文包括Genome Biology (IF = 11.908) 三篇, Bioinformatics (IF = 7.307) 两篇, PLoS Computational Biology (IF = 4.542) 一篇等。统计到 2018年2月,所发表论文被国内外其他研究学者引用604次,他引论文分布在Cell、Nature、Nature Reviews Genetics等20多种国际学术刊物上。主持国家自然科学基金两项等项目。